《第 2 次超級機器人大戰 Z 破界篇》預定以 2 部曲的形式構成全新原創故事，本作「破界篇」為其中之第一部。和過去的《超級機器人大戰 F》→《超級機器人大戰 F 完結篇》將一篇故事分割為兩部的構成不同，《第 2 次超級機器人大戰 Z》2 部曲將會有重要的關連，但又為各自獨立的故事。

另外，另外新參戰的《Code Geass 反叛的魯路修》和《機動戰士鋼彈 00》原作動畫是由 2 部構成的，破界篇是描述其中第 1 部的故事。另外《天元突破 紅蓮螺巖》的故事大致上也可以分為 2 部曲，破界篇也收錄了其中的前半部故事。
◆ 參戰作品

※ 標記 ☆ 為首次登場《超級機器人大戰》系列之作品（未包含其他機戰衍生系列）

☆ 天元突破 紅蓮螺巖（天元突破グレンラガン）
☆ 天元突破 紅蓮螺巖 紅蓮篇（劇場版 天元突破グレンラガン 紅蓮篇）
☆ Code Geass 反叛的魯路修（コードギアス　反逆のルルーシュ）
☆ 超時空要塞 Frontier（マクロス Frontier）
☆ 超時空要塞 Frontier 虛空歌姬（劇場版 マクロスF 虚空歌姫～イツワリノウタヒメ～）
☆ 交響詩篇艾蕾卡 7 口袋中的彩虹（交響詩篇エウレカセブン ポケットが虹でいっぱい）
☆ 裝甲騎兵波德姆茲（装甲騎兵ボトムズ）
☆ 裝甲騎兵波德姆茲 最後的紅肩隊（ザ・ラストレッドショルダー）
☆ 裝甲騎兵波德姆茲 紅肩隊記錄 野心的根源（レッドショルダードキュメント 野望のルーツ）
☆ 裝甲騎兵波德姆茲 裴爾森密件（ペールゼン・ファイルズ）
‧ 超時空世紀 ORGUSS（超時空世紀オーガス）
‧ 機動戰士 Z 鋼彈（機動戦士Ｚガンダム）
‧ 機動戰士鋼彈 逆襲的夏亞（機動戦士ガンダム　-逆襲のシャア-）
‧ 新機動戰記鋼彈 W（新機動戦記ガンダムW）
‧ 機動新世紀鋼彈 X（機動新世紀ガンダムＸ）
‧ ∀鋼彈（∀ガンダム）
‧ 機動戰士鋼彈 SEED DESTINY（機動戦士ガンダムSEED DESTINY）
☆ 機動戰士鋼彈 00 第一季（機動戦士ガンダム00 1st Season）
‧ 超獸機神斷空我（超獣機神ダンクーガ）
‧ 獸裝機攻斷空我 NOVA（獣装機攻ダンクーガノヴァ）
‧ 真蓋特機器人 世界最後之日（真ゲッターロボ 世界最後の日）
☆ 真無敵鐵金剛 衝擊！Z 篇（真マジンガー 衝撃！Z 編）
☆地球防衛企業大鐵衛（地球防衛企業ダイ・ガード）
‧ The Big O（THEビッグオー）
‧ 超越者 KING GAINER（OVERMAN キングゲイナー）
‧ 超重神 GRAVION Zwei（超重神グラヴィオンツヴァイ）
‧ 創聖的 Aquarion（創聖のアクエリオン）
‧ 無敵鋼人泰坦 3（無敵鋼人ダイターン3）
‧ 無敵超人桑波特 3（無敵超人ザンボット3）
‧ 無敵機器人 TRYDER-G7（無敵ロボ トライダーG7）
‧ 宇宙大帝 GOD SIGMA（宇宙大帝ゴッドシグマ）
‧ 宇宙戰士 BALDIOS（宇宙戦士バルディオス）
‧ 六神合體 雷霆王（六神合体ゴッドマーズ）
‧ 戰鬥機器 薩奔格爾（戦闘メカ ザブングル）